天然沸石，孔径不同，空泡可以防止沸腾，但不能满足工业生产的高效率要求。沸石分子筛在其生成过程中具有一定的化学平衡，被认为是矿物相，被称为沸石相。这种分子筛相是介稳态的，可以人工合成，并具有一定的稳定性。

沸石分子筛在筛选分子、催化剂制备、缓释催化剂等方面有着较为先进的功能，因而孔径也有固定的要求，分布要均匀，往往需要人工合成。以下从不同角度详细介绍了它与天然沸石的区别。

首先，化学成分不同。

自然沸石的主要化学成分是铝硅酸钠，沸石分子筛为晶状硅酸盐或硅铝酸盐，是以硅氧四面体或以氧桥键连接铝氧四面体。

第二，特征不同。

沸石具有玻璃般的光泽，能吸收水及其它液体。沸石分子筛具有其它吸附剂所不具备的吸附能力和热稳定性等优点。

第三，特点不同。

沸石分子筛为硬度3~5、相对密度2~2.8的金属光泽的粉状晶体。天然沸石具有不同的颜色，合成的分子筛呈白色，不溶于水，热稳定性和耐酸性随着SiO2/Al2O3含量的增加而提高。